La muqueuse vaginale et ectocervicale doit concilier défense anti-infectieuse et tolérance envers des antigènes allogéniques (spermatozoïdes, protéines séminales), et en cas de conception envers l'embryon.
Les piliers de cette immunité comprennent : l'épithélium pluristratifié (barrière + PRR), le mucus riche en mucines et peptides antimicrobiens, les immunoglobulines (IgG, IgA) et le réseau inné/adaptatif (neutrophiles, macrophages, cellules dendritiques, NK, ILC, lymphocytes T et B). Les hormones sexuelles modulent fortement ces mécanismes selon le cycle menstruel.